Esta pregunta merece una respuesta honesta, no una evasiva. Si te han dicho que simplemente confíes sin pensar, la Iglesia no te exige eso.
El contexto
Las culturas cananeas que nombra la Escritura practicaban el sacrificio de niños (Lev. 18:21; Deut. 12:31, algo corroborado por evidencia extrabíblica en Cartago y en otros lugares) y la prostitución ritual. La conquista se presenta como un juicio sobre prácticas concretas, no como una limpieza étnica: el mismo juicio que, según se le advierte a Israel, caerá sobre él si hace las mismas cosas (Lev. 18:28; y que Israel efectivamente sufrió en el exilio).
La retórica
Estudiosos como Paul Copan y Richard Hess han mostrado que los relatos de conquista del antiguo Cercano Oriente usan habitualmente una retórica de destrucción total («todo lo que tenía vida mató») incluso cuando la batalla real fue limitada. Josué 11 dice que las ciudades fueron destruidas por completo; Jueces 1, que describe el mismo período, dice que los cananeos siguieron viviendo en medio de Israel. La retórica es formularia; la realidad fue más limitada. (Las citas bíblicas son de la Reina-Valera 1909, salvo que se indique otra versión; los corchetes son de esa edición.)
Lo que la conquista no es
No es un modelo para la acción cristiana. El Nuevo Testamento redefine explícitamente la batalla como espiritual (Ef. 6:12). Los Padres de la Iglesia (Orígenes, Gregorio de Nisa, Máximo) leen estos textos tipológicamente: los cananeos son las pasiones que hay que hacer morir dentro de nosotros, no enemigos a quienes matar fuera.
La mirada ortodoxa
El Dios que por medio de Josué dijo «destruye del todo» es el mismo Dios que en Cristo dijo «Amad á vuestros enemigos», y luego lo demostró en una cruz. La trayectoria de la Escritura va hacia el Cordero, no hacia la espada.
Una palabra pastoral
Puedes mantener abierta esta pregunta con reverencia. Cristianos de verdad han luchado con ella durante siglos. La respuesta no es suavizar a Dios ni descartar el texto, sino leerlo a través de Aquel que derramó su sangre en lugar de tomar represalias.