El ADN basura, ENCODE y el debate sobre el diseño

En septiembre de 2012 un consorcio de científicos publicó los resultados principales del proyecto ENCODE, un amplio esfuerzo financiado con fondos públicos para trazar el mapa de las partes funcionantes del genoma humano. El artículo principal en Nature decía que sus datos «nos permitieron asignar funciones bioquímicas al 80% del genoma» (traducción nuestra). Los periódicos y las revistas científicas pronto anunciaron el fin del «ADN basura», la idea de que buena parte de nuestro ADN no hace nada útil para el organismo. Los autores del diseño inteligente (DI) recibieron la noticia como el cumplimiento de una predicción que habían hecho años antes.

Siguió un duro contraataque. Los biólogos evolutivos sostuvieron que ENCODE había usado una definición de «función» tan laxa que casi cualquier tramo de ADN la cumpliría, y que la fracción funcional real estaba más cerca del 10 por ciento. Para 2014 varios de los propios líderes de ENCODE habían publicado una explicación más cautelosa de lo que sus datos podían y no podían mostrar.

Este artículo pregunta qué ocurrió, qué sugiere ahora la evidencia, cómo usó el argumento del diseño este episodio y si alguno de los dos bandos exageró su caso. Un argumento cristiano construido sobre un titular científico solo es tan fuerte como el titular.

En resumen

La cifra de 80 por ciento de ENCODE en 2012 describía el ADN que mostraba al menos un evento bioquímico reproducible, como ser copiado a ARN o ser unido por una proteína, en al menos uno de los tipos celulares estudiados. No demostró que el 80 por ciento del genoma haga algo que el organismo necesita. Críticos como Dan Graur y W. Ford Doolittle sostuvieron que la actividad bioquímica es una mala prueba de función, y los propios científicos de ENCODE escribieron en 2014 que «no es nada sencillo» decir qué parte del genoma activo es funcional. Las estimaciones basadas en la restricción evolutiva y en las tasas de mutación caen en su mayoría entre 8 y 15 por ciento aproximadamente, aunque una minoría de científicos, como John Mattick, defiende mucho más. Algunas secuencias «basura» sí han resultado tener funciones. Pero la afirmación de que ENCODE «derribó» el ADN basura o confirmó el diseño fue más allá de la evidencia, y el argumento más antiguo de que el ADN basura refuta a un diseñador descansaba en supuestos teológicos que la ciencia no puede someter a prueba.

Tesis: ENCODE no demostró que el 80 por ciento del genoma humano sea funcional en el sentido que importa para el debate sobre el diseño, la fracción verdadera sigue en disputa, y los cristianos no deberían apoyar el caso del diseño en el «sin basura» ni temer la posibilidad de que gran parte del genoma no se use.

Qué significaba «ADN basura»

La expresión ya se usaba en la década de 1960, pero suele atribuirse al genetista Susumu Ohno, cuyo artículo de 1972 se tituló «So much ‘junk’ DNA in our genome» (Tanto ADN «basura» en nuestro genoma). Ohno pensaba sobre todo en los pseudogenes: copias de genes que han sido inutilizadas por mutaciones. Alexander Palazzo y T. Ryan Gregory señalan que el término «se amplió rápidamente para incluir muchos tipos de ADN no codificante».¹ Solo alrededor del 1 al 2 por ciento del genoma humano codifica proteínas. El mayor componente del resto son los elementos transponibles, secuencias que se copian a sí mismas por el genoma; Palazzo y Gregory informan de estimaciones de entre la mitad y dos tercios del genoma, en su mayor parte degradado e inactivo.²

Dos líneas de razonamiento llevaron a muchos biólogos a esperar mucho ADN no funcional. Una fue el tamaño del genoma. El tamaño del genoma varía enormemente y no sigue a la complejidad. La «prueba de la cebolla», propuesta por Gregory en 2007, lo plantea con crudeza: la cebolla tiene unas cinco veces más ADN que un ser humano, así que quien proponga una función universal para el ADN no codificante debería explicar por qué una cebolla necesita tanto más. La otra fue la genética de poblaciones: la selección debe proteger el ADN funcional contra las mutaciones dañinas, y hay límites a cuánto puede protegerse en una especie como la nuestra.³

«Basura» nunca tuvo que significar «sin valor». Sydney Brenner trazó una distinción que luego citaron los críticos de ENCODE: «Están los desechos que conservamos, que son “junk” (trastos), y los desechos que tiramos, que son “garbage” (basura)». Según esta visión, el ADN extra persiste porque es inofensivo y porque los procesos que añaden ADN superan a los que lo eliminan.⁴

Lo que ENCODE afirmó en 2012

El artículo principal de 2012 informó de 1,640 conjuntos de datos en 147 tipos celulares. En el texto principal el consorcio dijo que «la gran mayoría (80.4%) del genoma humano participa en al menos un evento bioquímico asociado con ARN y/o cromatina en al menos un tipo celular».⁵

La definición se enunció abiertamente. El artículo decía: «Operativamente, definimos un elemento funcional como un segmento discreto del genoma que codifica un producto definido (p. ej., una proteína o un ARN no codificante) o que muestra una firma bioquímica reproducible (p. ej., unión a proteínas o una estructura de cromatina específica)». En el mismo párrafo reconocía que los estudios de genómica comparada «sugieren que el 3–8% de las bases están bajo selección purificadora (negativa)». El artículo también daba un espectro: 2.9 por ciento de las bases en exones que codifican proteínas, 8.5 por ciento en sitios específicos de unión a proteínas y alrededor de 80 por ciento en el nivel más amplio.⁶

Los lectores de titulares pasaron por alto estas salvedades. Science publicó una nota titulada «El proyecto ENCODE escribe el elogio fúnebre del ADN basura», y un reportaje de Nature resumió el resultado como la asignación de «algún tipo de función a aproximadamente el 80% del genoma».⁷ {{very-strong: La cifra de 80 por ciento de ENCODE contaba cualquier actividad bioquímica reproducible en cualquier tipo celular probado; no era una medida de cuánto ADN necesita el organismo.}}

La reacción

La respuesta más conocida vino de Dan Graur y cinco colegas en Genome Biology and Evolution en 2013, con un título deliberadamente provocador: «Sobre la inmortalidad de los televisores: la “función” en el genoma humano según el evangelio de ENCODE, libre de evolución». Su resumen argumentaba que si el 80 por ciento del genoma es funcional mientras que menos del 10 por ciento está conservado por selección purificadora, entonces cerca del 70 por ciento tendría que ser inmune a las mutaciones dañinas, lo que llamaron una «conclusión absurda».⁸ Sostuvieron que ENCODE había usado una idea de función de «papel causal» (lo que una secuencia hace químicamente) en vez de una idea de «efecto seleccionado» (aquello para lo cual la selección natural la mantiene), y que mucha transcripción y unión de proteínas podría ser ruido bioquímico. De ahí el título: un televisor que se deja encendido y sin atender no seguirá funcionando después de un millón de años, y el ADN que la selección no protege no seguirá siendo funcional.⁹

W. Ford Doolittle presentó un argumento relacionado en Proceedings of the National Academy of Sciences. Se preguntó qué encontrarían los métodos de ENCODE en genomas mucho mayores. Si el número de «elementos funcionales» se mantuviera más o menos constante, el ADN extra de los genomas grandes parecería basura. Si aumentara con el tamaño del genoma, entonces los organismos de genoma grande serían más complejos que nosotros, o la definición de ENCODE estaba contando sitios que los biólogos normalmente no llamarían funcionales, o las mismas funciones están repartidas de manera más difusa en los genomas mayores; consideró plausibles las dos últimas posibilidades.¹⁰

En 2014 un grupo de treinta autores, entre ellos destacados científicos de ENCODE como Ewan Birney, uno de los analistas principales del artículo de 2012, publicó «Definir los elementos funcionales del ADN en el genoma humano». Escribieron que «no es nada sencillo establecer qué fracción del genoma anotado bioquímicamente debe considerarse funcional». También defendieron su enfoque, argumentando que los métodos evolutivos pueden pasar por alto una función real: «la ausencia de conservación no puede interpretarse como prueba de la falta de función». Su conclusión situaba el valor de ENCODE en sus mapas, que consideraban «mucho más importantes que cualquier estimación provisional de la fracción del genoma humano que es funcional».¹¹ El artículo de 2014 no defendió el 80 por ciento como medida de función biológica.

¿Qué parte del genoma es funcional?

Nadie tiene una respuesta exacta, y las estimaciones dependen de lo que signifique «funcional».

Enfoque	Estudio	Estimación
Actividad bioquímica en cualquier tipo celular	ENCODE 2012	alrededor del 80% (cualquier actividad)
Solo elementos reguladores candidatos (no es un total de toda la función)	ENCODE 2020	7.9% del genoma humano
Restricción a lo largo del linaje humano	Rands et al. 2014	8.2% (rango de 7.1 a 9.2%)
Variación humana en ADN activo no conservado	Ward y Kellis 2012	al menos un 4% adicional
Restricción en 240 mamíferos	Zoonomia, Christmas y colaboradores, 2023	al menos 10.7% (un límite inferior)
Carga mutacional (máximo teórico)	Graur 2017, corregido en 2019	no más del 15%

El registro de ENCODE de 2020, con 926,535 elementos reguladores candidatos, cubre el 7.9 por ciento del genoma.¹² Rands y sus colegas estimaron en 2014 que «el 8.2% (7.1–9.2%) del genoma humano está actualmente sujeto a selección negativa y por tanto es probablemente funcional».¹³ Ward y Kellis, usando datos de poblaciones humanas, encontraron que parte del ADN activo no conservado entre los mamíferos está aun así bajo selección, «con al menos un 4% adicional del genoma humano sujeto a restricción específica del linaje».¹⁴ El alineamiento de 240 genomas de mamíferos del proyecto Zoonomia en 2023 encontró que «al menos 332 millones de bases (~10.7%)» del genoma humano están conservadas de manera inusual, una cifra mínima.¹⁵

Graur usó el argumento de la carga mutacional en 2017 para fijar un límite superior. Tal como se publicó por primera vez, el artículo daba 25 por ciento; una corrección de 2019 añadió un factor omitido en una ecuación, y el resumen corregido concluye que la fracción funcional «no puede superar el 15%».¹⁶ El resultado depende de las tasas de mutación supuestas.

Los experimentos apuntan en ambos sentidos. En 2004 Marcelo Nóbrega y sus colegas eliminaron de ratones dos grandes tramos de ADN no codificante, de aproximadamente 1.5 millones y 845,000 pares de bases, y los ratones eran «indistinguibles de sus compañeros de camada de tipo silvestre» en los rasgos medidos, lo que los autores tomaron como apoyo de un «ADN potencialmente “desechable”».¹⁷ Por otro lado, algunas secuencias antes descartadas han resultado activas. Un estudio de 2010 en Nature mostró que PTENP1, un pseudogén del gen supresor de tumores PTEN, «es biológicamente activo, pues puede regular los niveles celulares de PTEN».¹⁸ John Mattick y Marcel Dinger, que no son partidarios del DI, argumentaron en 2013 que las estimaciones basadas en la conservación descansan en «supuestos circulares» sobre el ADN derivado de transposones y que es probable que una parte mucho mayor del genoma sea funcional.¹⁹ La suya es una opinión minoritaria, pero seria.

{{moderate: La mayoría de las estimaciones actuales basadas en la evidencia sitúan la fracción funcional del genoma humano aproximadamente entre 8 y 15 por ciento, con una incertidumbre real sobre la función que los métodos evolutivos no pueden detectar.}}

Cómo usó el argumento del diseño la afirmación

Los autores del DI habían tomado el tema mucho antes de 2012. En First Things, en octubre de 1998, William Dembski respondió a la acusación de que el diseño es un «freno de la ciencia» señalando el ADN basura. «Así pues, desde una visión evolutiva esperamos mucho ADN inútil», escribió. «Si, por el contrario, los organismos están diseñados, esperamos que el ADN, en la mayor medida posible, exhiba función». Añadió que «los hallazgos más recientes sugieren que designar el ADN como “basura” meramente encubre nuestra actual falta de conocimiento sobre su función».²⁰ En 2011 el biólogo Jonathan Wells publicó The Myth of Junk DNA con Discovery Institute Press, un repaso de la investigación sobre intrones, pseudogenes y otro ADN no codificante.²¹

Después de ENCODE, Casey Luskin, del Center for Science and Culture del Discovery Institute, escribió una serie de cuatro partes para la revista Salvo, cuyas tres últimas partes aparecieron en 2015. Describió ENCODE como el hallazgo de que «el 80 por ciento del genoma humano es bioquímicamente funcional, con el 100 por ciento de funcionalidad a la vista, lo que derriba el concepto de ADN basura».²² Respondió directamente a los críticos. Sobre la prueba de la cebolla, señaló las correlaciones entre el tamaño del genoma y el tamaño de la célula y la duplicación del genoma (poliploidía) en las plantas. Sobre la conservación, sostuvo que el razonamiento de los críticos da por supuesta su conclusión: «un agente inteligente podría diseñar de manera independiente elementos genéticos funcionales con secuencias de ADN muy divergentes en los genomas de especies distintas; no se requiere ninguna “conservación”».²³ Concluyó que «el DI predijo audazmente los resultados de ENCODE, y la biología evolutiva no».²⁴

Parte de esto merece una escucha justa. Dembski sí apuntó hacia la función en el ADN no codificante, las funciones halladas desde entonces son reales, y los propios científicos de ENCODE admitieron que la falta de conservación no prueba la falta de función. Pero para 2014 los autores de ENCODE no defendían el 80 por ciento como función biológica, y la afirmación de que el DI «predijo los resultados de ENCODE» depende de leer esa cifra de ese modo. {{debated: Los resultados de ENCODE confirmaron una predicción distintiva del diseño inteligente.}}

Exageración en ambos bandos

Por el lado evolutivo, el ADN basura se había convertido en un argumento contra un diseñador. Mattick y Dinger resumen este uso de la idea, citando a Richard Dawkins (1986) y a Francis Collins (2006): el ADN no codificante se presentaba como «evidencia de la acumulación de desechos evolutivos por una evolución darwiniana ciega», bajo el supuesto de que «presumiblemente un diseñador inteligente no llenaría el conjunto de instrucciones genéticas humanas con información sin sentido».²⁵ Esa premisa es teológica, no científica: supone que sabemos lo que un Creador haría con un genoma. El artículo de Graur hizo explícito lo que estaba en juego de una manera que fue más allá de los datos: «el mensaje principal de ENCODE de que todo tiene una función implica propósito, y el propósito es lo único que la evolución no puede proporcionar».²⁶ Si los procesos biológicos tienen propósito es una cuestión filosófica, y los porcentajes de ADN funcional no pueden resolverla en ningún sentido.

Por el lado del diseño, la historia popular de que los biólogos descartaron el ADN no codificante y se negaron a estudiarlo está exagerada. Palazzo y Gregory responden que «simplemente no es cierto que las posibles funciones del ADN no codificante fueran ignoradas hasta hace poco», y que «incluso los primeros partidarios del “ADN basura” y del “ADN egoísta” predijeron que se encontrarían más ejemplos».²⁷ Mattick y Dinger, los científicos más favorables a un genoma altamente funcional, insisten en que su visión es «enteramente coherente con los principios generales de la evolución por selección natural».²⁸ Un genoma funcional, si eso es lo que tenemos, no apuntaría por sí solo al diseño.

Aquí es donde la evidencia debilita el argumento del diseño tal como suele presentarse. «Sin basura, luego diseño» falla por la misma razón que «basura, luego no hay diseño». Ambos convierten un porcentaje disputado en un veredicto que no puede dar (compárese con ¿Es el diseño inteligente un argumento del «dios de los vacíos»?).

La posición ortodoxa

La Iglesia ortodoxa no tiene dogma sobre los genomas, y no apoya la fe en el Creador en ningún hallazgo científico en particular. El Credo confiesa a Dios Padre Todopoderoso, «Creador del cielo y de la tierra, y de todas las cosas visibles e invisibles» (texto del Credo según la Diócesis de México de la Iglesia Ortodoxa en América),²⁹ y la Iglesia lee el orden creado como obra de la sabiduría de Dios: «¡Cuán muchas son tus obras, oh Jehová! Hiciste todas ellas con sabiduría» (Salmo 104:24; Salmo 103 en la numeración de la Septuaginta). San Pablo dice que «las cosas invisibles de él ... se echan de ver ..., siendo entendidas por las cosas que son hechas» (Romanos 1:20).³⁰ Los Padres veían comúnmente el orden y la belleza de la creación como una señal que apunta a su Hacedor. San Basilio Magno dijo a sus oyentes en el Hexamerón: «Quiero que la creación te penetre de tanta admiración que, en todas partes, dondequiera que estés, la planta más pequeña te traiga el recuerdo claro del Creador».³¹ (Las citas bíblicas son de la Reina-Valera 1909, salvo que se indique otra versión; los corchetes son de esa edición.)

San Basilio sí sostuvo que entre las plantas «ni una sola cosa es inútil» (Hexamerón 5.4), pero se refería a criaturas enteras y sus usos, no a cada parte de cada criatura. Un lector ortodoxo puede sostener la cuestión del ADN basura con la misma calma. Primero, la Iglesia no enseña que la creación esté ahora en su estado terminado y prístino. San Pablo escribe que «las criaturas sujetas fueron á vanidad» y que esperan ser liberadas «de la servidumbre de corrupción» (Romanos 8:20–21).³² Es una afirmación teológica, no una teoría del genoma, pero significa que un cristiano no está obligado a la idea de que cada nucleótido deba ser útil. Segundo, el propio enfoque de este sitio sobre el diseño lo trata como una inferencia que debe sopesarse frente a las alternativas, y no como una exigencia de que la ciencia no encuentre cabos sueltos (véanse El diseño como inferencia, no como freno de la ciencia (en inglés) y En el ADN importa la función, no la mera improbabilidad (en inglés)). Los argumentos de diseño más fuertes tomados de la biología se refieren al origen de la información codificada en el ADN y a la maquinaria de la célula para leerla, lo cual es una cuestión distinta de cuánto del genoma está en uso hoy (véase La inferencia de diseño: ADN, información y función (en inglés)).

Hay cristianos en ambos lados de este debate, y ambos merecen respeto. Francis Collins, que dirigió el Proyecto Genoma Humano, fundó BioLogos después de The Language of God (2006); presenta lo que llama «Creación evolutiva», cree «que nuestro Dios inteligente diseñó el universo», pero no ve «razones científicas o bíblicas para renunciar a buscar explicaciones naturales», y por eso se distingue del diseño inteligente.³³ Dembski, Wells y Luskin, en el Discovery Institute, sostienen que el diseño es detectable en la biología (véase ¿Puede un cristiano aceptar la evolución?). Un lector ortodoxo puede aprender de ambos manteniendo la fe anclada en la revelación de Dios en Cristo, recibida en la Iglesia, y no en un porcentaje que puede cambiar con el próximo estudio. Para el panorama más amplio, véase ¿Ha refutado la ciencia el cristianismo?

Las objeciones más fuertes

«Un diseñador sabio no llenaría nuestro genoma de basura, así que el ADN basura cuenta en contra de Dios».

Esto supone un conocimiento de los propósitos de un Creador que nadie tiene. La Escritura describe una creación buena que también está, por ahora, sujeta a corrupción, no una máquina optimizada para la economía. Además ha perdido terreno a medida que secuencias «basura» particulares, como PTENP1, han resultado útiles. Un genoma en gran parte sin usar nos hablaría de la historia de los genomas, no de que no haya Dios.

«El DI predijo ENCODE, y la biología evolutiva no».

Luskin tiene razón en que Dembski predijo más función de la que muchos biólogos esperaban, y en que la etiqueta de basura se aplicó a veces con demasiada rapidez. Pero la predicción era vaga («en la mayor medida posible»), y la teoría evolutiva llevaba mucho tiempo admitiendo la función en el ADN no codificante; como señalan Palazzo y Gregory, se conocen secuencias no codificantes funcionales desde hace más de medio siglo. El problema decisivo es que la cifra de 80 por ciento medía eventos bioquímicos, y los propios científicos de ENCODE se retiraron de ella como medida de función. Con la evidencia actual la predicción no está confirmada, aunque aún podría resultar en parte acertada si la función resulta ser mucho más extensa de lo que sugiere la restricción.

«Las estimaciones basadas en la conservación suponen la evolución, así que son circulares».

Esta es la réplica técnica más fuerte del DI, y Mattick y Dinger también la hacen. Los métodos de alineamiento pueden, en efecto, pasar por alto la función. Pero no toda línea de evidencia depende de comparar especies. Ward y Kellis usaron la variación dentro de los humanos vivos. El límite superior de Graur usa tasas de mutación humanas medidas y la aritmética de las mutaciones dañinas, que actúan sobre cualquier ADN funcional sea cual sea su origen. Los experimentos de deleción en ratones son pruebas directas en animales vivos. Ninguno es definitivo, pero en conjunto hacen difícil sostener las estimaciones muy altas.

Lo que podemos afirmar con confianza

• La cifra de alrededor de 80 por ciento de ENCODE en 2012 contaba el ADN que mostraba cualquier actividad bioquímica reproducible en al menos un tipo celular, y el artículo lo decía.
• Los propios científicos de ENCODE escribieron en 2014 que la fracción funcional del genoma bioquímicamente activo no es sencilla de establecer, y no repitieron el 80 por ciento como medida de función biológica.
• Las estimaciones de restricción entre mamíferos han aumentado a medida que se compararon más genomas: el estudio Zoonomia de 2023 encontró un límite inferior de alrededor de 10.7 por ciento, frente a estimaciones anteriores de al menos 5 por ciento con menos especies.
• Parte del ADN que antes se llamó basura, incluidos algunos pseudogenes y secuencias de elementos transponibles, tiene funciones reales.
• Las grandes deleciones de ADN no codificante en ratones no han producido daño detectable en los rasgos medidos, lo que sugiere que parte del ADN es prescindible.
• Tanto «la basura refuta el diseño» como «sin basura prueba el diseño» descansan en supuestos que van más allá de los datos.

Lo que sigue en debate

• La fracción funcional verdadera del genoma humano. La mayoría de las estimaciones caen aproximadamente entre 8 y 15 por ciento, mientras que Mattick y otros defienden mucho más.
• Si la transcripción de bajo nivel y la unión de proteínas son en su mayor parte ruido o en su mayor parte actividad regulada.
• Cuánta función es invisible para los métodos basados en la conservación.
• Si la prueba de la cebolla es decisiva, o si el tamaño de la célula y la duplicación del genoma explican los genomas grandes, como sostienen los autores del DI.
• Si la afirmación de Dembski de 1998 cuenta como una predicción distintiva y comprobable del diseño inteligente.

Conclusión

El debate sobre el ADN basura muestra con qué rapidez un artículo cuidadoso puede convertirse en una consigna. ENCODE produjo un valioso mapa de la actividad del genoma. No demostró que el 80 por ciento de nuestro ADN sea necesario, y quienes lo escribieron lo dijeron así. Sus críticos presentaron un argumento sólido de que la mayor parte del genoma probablemente no es funcional en el sentido biológico, pero también ellos hablaron a veces como si un porcentaje pudiera responder una pregunta sobre el propósito.

Para un cristiano ortodoxo, nada de esto inquieta la fe en el Dios que hizo el cielo y la tierra. El mundo es obra de un Creador sabio ya sea que el genoma sea funcional en una décima parte o en nueve décimas. La Iglesia nos pide mirar la creación con el asombro que recomendó San Basilio, decir la verdad sobre lo que encontramos y dejar espacio para el próximo descubrimiento. El argumento del diseño se sirve mejor con esa honestidad que con una afirmación que la evidencia ya ha dejado atrás.

Para saber cómo califica este sitio la evidencia, véanse Cómo trabajamos (en inglés) y la explicación de las calificaciones de la evidencia (en inglés).

Notas

1. Susumu Ohno, «So much ‘junk’ DNA in our genome», en H. H. Smith, ed., Evolution of Genetic Systems (Nueva York: Gordon and Breach, 1972), 366-370, citado y descrito en Alexander F. Palazzo y T. Ryan Gregory, «The Case for Junk DNA», PLoS Genetics 10, n.º 5 (2014): e1004351. ↩
2. Palazzo y Gregory, «The Case for Junk DNA», sección «Genome Composition». ↩
3. Palazzo y Gregory, «The Case for Junk DNA», sección «Genome Size and ‘The Onion Test’», que cita a T. Ryan Gregory, «The onion test» (2007, blog Genomicron). ↩
4. Sydney Brenner, «Refuge of spandrels», Current Biology 8, n.º 19 (1998): R669, citado en Dan Graur et al., «On the Immortality of Television Sets», Genome Biology and Evolution 5, n.º 3 (2013): 578-590. ↩
5. The ENCODE Project Consortium, «An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome», Nature 489 (2012): 57-74, resumen e introducción. ↩
6. ENCODE Project Consortium, «An integrated encyclopedia», introducción y sección sobre el espectro de cobertura. ↩
7. Elizabeth Pennisi, «ENCODE Project Writes Eulogy for Junk DNA», Science 337 (2012): 1159-1161; Brendan Maher, «ENCODE: The human encyclopaedia», Nature 489 (2012): 46-48. ↩
8. Dan Graur, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B. R. Azevedo, Rebecca A. Zufall y Eran Elhaik, «On the Immortality of Television Sets: ‘Function’ in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE», Genome Biology and Evolution 5, n.º 3 (2013): 578-590, resumen. ↩
9. Graur et al., «On the Immortality of Television Sets», secciones sobre las funciones de «selected effect» y «causal role». ↩
10. W. Ford Doolittle, «Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE», Proceedings of the National Academy of Sciences 110, n.º 14 (2013): 5294-5300, resumen. ↩
11. Manolis Kellis et al., «Defining functional DNA elements in the human genome», Proceedings of the National Academy of Sciences 111, n.º 17 (2014): 6131-6138. ↩
12. The ENCODE Project Consortium et al., «Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes», Nature 583 (2020): 699-710. ↩
13. Chris M. Rands, Stephen Meader, Chris P. Ponting y Gerton Lunter, «8.2% of the Human Genome Is Constrained: Variation in Rates of Turnover across Functional Element Classes in the Human Lineage», PLoS Genetics 10, n.º 7 (2014): e1004525, resumen. ↩
14. Lucas D. Ward y Manolis Kellis, «Evidence of Abundant Purifying Selection in Humans for Recently Acquired Regulatory Functions», Science 337 (2012): 1675-1678, resumen. ↩
15. Matthew J. Christmas et al. (Zoonomia Consortium), «Evolutionary constraint and innovation across hundreds of placental mammals», Science 380, n.º 6643 (2023): eabn3943, resumen y sección «Estimate of genome-wide constraint». ↩
16. Dan Graur, «An Upper Limit on the Functional Fraction of the Human Genome», Genome Biology and Evolution 9, n.º 7 (2017): 1880-1885; Dan Graur, «Corrigendum», Genome Biology and Evolution 11, n.º 11 (2019): 3158. ↩
17. Marcelo A. Nóbrega et al., «Megabase deletions of gene deserts result in viable mice», Nature 431 (2004): 988-993, resumen. ↩
18. Laura Poliseno et al., «A coding-independent function of gene and pseudogene mRNAs regulates tumour biology», Nature 465 (2010): 1033-1038, resumen. ↩
19. John S. Mattick y Marcel E. Dinger, «The extent of functionality in the human genome», The HUGO Journal 7 (2013): 2, resumen. ↩
20. William A. Dembski, «Science and Design», First Things 86 (octubre de 1998). Autores posteriores del Discovery Institute lo citan como «Intelligent Science and Design», 21-27. ↩
21. Jonathan Wells, The Myth of Junk DNA (Seattle: Discovery Institute Press, 2011). ↩
22. Casey Luskin, «The ENCODE Embroilment, Part II», Salvo 32 (2015). ↩
23. Casey Luskin, «The ENCODE Embroilment, Part III», Salvo 33 (2015). ↩
24. Casey Luskin, «The ENCODE Embroilment, Part IV», Salvo 34 (otoño de 2015). ↩
25. Mattick y Dinger, «The extent of functionality in the human genome», final de la sección «Review», justo antes de «Conclusions», que cita a Richard Dawkins, The Blind Watchmaker (1986), y a Francis S. Collins, The Language of God (2006). ↩
26. Graur et al., «On the Immortality of Television Sets», párrafos finales del argumento principal, que cita a Dembski (1998; su «Reinstating design within science», Rhetoric & Public Affairs 1, no el ensayo de First Things) y a Wells (2004). ↩
27. Palazzo y Gregory, «The Case for Junk DNA», introducción y «Concluding Remarks». ↩
28. Mattick y Dinger, «The extent of functionality in the human genome», «Conclusions». ↩
29. El Credo niceno-constantinopolitano, en la traducción inglesa de la Iglesia Ortodoxa en América, «The Creed: The Symbol of Faith», oca.org. ↩
30. Las citas bíblicas del original en inglés proceden de la New King James Version (Nashville: Thomas Nelson, 1982), consultada en Bible Gateway. ↩
31. Basilio de Cesarea, Hexamerón, Homilía 5.2 (y 5.4 para «ni una sola cosa es inútil»), trad. Blomfield Jackson, Nicene and Post-Nicene Fathers, 2.ª serie, vol. 8 (Buffalo, NY: Christian Literature Publishing Co., 1895), edición revisada en New Advent. ↩
32. Romanos 8:20-21 (NKJV en el original inglés). ↩
33. BioLogos, «About BioLogos: Our History» (biologos.org/about-us) y «How is Evolutionary Creation different from Evolutionism, Intelligent Design, and Creationism?» (biologos.org/common-questions), ambos consultados mediante el Internet Archive (capturas de enero de 2025) porque biologos.org rechazó las solicitudes automatizadas; Francis S. Collins, The Language of God (Nueva York: Free Press, 2006). ↩

Bibliografía

Fuentes primarias

• The ENCODE Project Consortium. «An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome». Nature 489, n.º 7414 (2012): 57-74. doi:10.1038/nature11247.
• The ENCODE Project Consortium et al. «Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes». Nature 583, n.º 7818 (2020): 699-710. doi:10.1038/s41586-020-2493-4.
• Kellis, Manolis, Barbara Wold, Michael P. Snyder, et al. «Defining functional DNA elements in the human genome». Proceedings of the National Academy of Sciences 111, n.º 17 (2014): 6131-6138. doi:10.1073/pnas.1318948111.
• The Holy Bible, New King James Version. Nashville: Thomas Nelson, 1982.

Fuentes ortodoxas y patrísticas

• Iglesia Ortodoxa en América. «The Creed: The Symbol of Faith». oca.org/orthodoxy/prayers/symbol-of-faith.
• Basilio de Cesarea. Hexamerón. Traducido por Blomfield Jackson. Nicene and Post-Nicene Fathers, 2.ª serie, vol. 8. Buffalo, NY: Christian Literature Publishing Co., 1895. Edición revisada en newadvent.org.

Otros estudios (incluidos estudiosos que discrepan)

• Christmas, Matthew J., Irene M. Kaplow, et al. «Evolutionary constraint and innovation across hundreds of placental mammals». Science 380, n.º 6643 (2023): eabn3943. doi:10.1126/science.abn3943.
• Doolittle, W. Ford. «Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE». Proceedings of the National Academy of Sciences 110, n.º 14 (2013): 5294-5300. doi:10.1073/pnas.1221376110.
• Graur, Dan. «An Upper Limit on the Functional Fraction of the Human Genome». Genome Biology and Evolution 9, n.º 7 (2017): 1880-1885. doi:10.1093/gbe/evx121. Corrigendum, Genome Biology and Evolution 11, n.º 11 (2019): 3158. doi:10.1093/gbe/evz231.
• Graur, Dan, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B. R. Azevedo, Rebecca A. Zufall y Eran Elhaik. «On the Immortality of Television Sets: ‘Function’ in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE». Genome Biology and Evolution 5, n.º 3 (2013): 578-590. doi:10.1093/gbe/evt028.
• Maher, Brendan. «ENCODE: The human encyclopaedia». Nature 489 (2012): 46-48.
• Mattick, John S., y Marcel E. Dinger. «The extent of functionality in the human genome». The HUGO Journal 7 (2013): 2. doi:10.1186/1877-6566-7-2.
• Nóbrega, Marcelo A., Yiwen Zhu, Ingrid Plajzer-Frick, Veena Afzal y Edward M. Rubin. «Megabase deletions of gene deserts result in viable mice». Nature 431 (2004): 988-993. doi:10.1038/nature03022.
• Palazzo, Alexander F., y T. Ryan Gregory. «The Case for Junk DNA». PLoS Genetics 10, n.º 5 (2014): e1004351. doi:10.1371/journal.pgen.1004351.
• Pennisi, Elizabeth. «ENCODE Project Writes Eulogy for Junk DNA». Science 337, n.º 6099 (2012): 1159-1161.
• Poliseno, Laura, Leonardo Salmena, Jiangwen Zhang, Brett Carver, et al. «A coding-independent function of gene and pseudogene mRNAs regulates tumour biology». Nature 465 (2010): 1033-1038. doi:10.1038/nature09144.
• Rands, Chris M., Stephen Meader, Chris P. Ponting y Gerton Lunter. «8.2% of the Human Genome Is Constrained». PLoS Genetics 10, n.º 7 (2014): e1004525. doi:10.1371/journal.pgen.1004525.
• Ward, Lucas D., y Manolis Kellis. «Evidence of Abundant Purifying Selection in Humans for Recently Acquired Regulatory Functions». Science 337 (2012): 1675-1678. doi:10.1126/science.1225057.

Fuentes de la tradición que se analiza (diseño inteligente)

• Dembski, William A. «Science and Design». First Things 86 (octubre de 1998).
• Luskin, Casey. «The ENCODE Embroilment», Partes II-IV. Salvo 32-34 (2015).
• Wells, Jonathan. The Myth of Junk DNA. Seattle: Discovery Institute Press, 2011.